Uma solução fácil e simples.
String input = "áéíóú-ÁÉÍÓÚ";
input = Normalizer.normalize(input, Normalizer.Form.NFD);
input = input.replaceAll("[^\\p{ASCII}]", "");
System.out.println(input);
Solução retirada do: http://javafree.uol.com.br/topic-871337-Remover-acentuacao.html